卫生防疫应急指挥产品遵循《突发公共卫生事件应急指挥与决策》，主要包括基础数据管、决策支持、分析、综合查询、安全防护等模块。

1、基础数据管理

用于对基础地理与自然环境背景数据库、全国公共卫生危险因素数据库、全国传染病疫情与人口死亡数据库、全国应急资源数据库、自然灾害数据库中的数据内容进行采集、维护和管理等功能。

（1）数据采集与管理。采集图像信息、图形信息、统计信息、遥测信息、调查与监测信息、文字信息等，不同类型的信息需要应用不同的信息获取技术。

（2）空间数据维护。以地理信息空间数据库和数据仓库的方式统一管理地理空间数据和相应的属性数据。

（3）疫情上报与更新。卫生部各下属单位获得灾情信息后，将所掌握的信息通过该系统进行上报，当灾情发生变化或被消除后，将实时更新灾情信息。

（4）预案、方案的制作与维护。存储由各专业系统的模拟、评价和虚拟现实所产生的各种预案，供专业决策和综合会商决策调用。

（5）各类活动管理功能。囊括应急项目管理、重大活动管理、应急会议管理、学习考察管理、宣传教育管理、信息发布管理和通报交流管理等功能。

2、决策支持、分析

通过现有数据结合GIS空间分析功能，预测疫情的发生、分析疫情发展、实现处置决策。

（1）疫情预警监控。基于上报的疫情数据对传染个体的活动进行实时监控，对可能影响因素的数据进行整合、分析和判断，建立诊断和预测模型，对易造成疾病爆发、流行或危害的分布状态及危险因素予以监控。

（2）会商决策管理。基于会商方式进行方案研讨、判定事件性质、拟订处理措施，展现疫情信息、事件信息、综合信息等各类会商信息，同时支持声音、文字、数字、图形、图象的显示，把指挥中心应急形势迅速展现到会商现场。

（3）处置决策功能。基于分析事故的相关数据，建立灾种的分析模型，并比选相应的应急处置预案，提供疫情危害范围、灾害损失估算。

（4）指令下达功能。应急处置决策完成后，卫生部通过系统向各下属单位发布指令。系统将预制各类指令格式，为系统使用人员提供便利。

（5）考评、评估功能。包括事件评估、应急能力评估、绩效考核考评功能。

（6）数据输出功能。将系统分析结果以数据、表格、图像、图形等实现数据输出，包括屏幕显示和打印输出。

3、综合查询

将各类卫生信息进行发布，供具备相关权限的人员对其进行浏览、查询，包括属性查询、空间查询、事件查询检索、信息标绘等。

4、安全防护

包括用户管理、系统配置、数据备份恢复、系统日志、数据字典管理等功能。